Il 7 aprile 2022 Muratov è stato attaccato da uno sconosciuto e coperto di vernice rossa mentre era su un treno da [[Mosca (Russia)|Mosca]] a [[Samara (Russia)|Samara]], presumibilmente come atto di sostegno alle truppe russe.<ref>{{Cita web|url=https://www.open.online/2022/04/07/guerra-ucraina-aggredito-nobel-muratov-novaya-gazeta-foto/|titolo=Aggredito il Nobel russo Muratov, vernice rossa sul giornalista: «Questo è per i nostri ragazzi» - Le foto|autore=Ygnazia Cigna|sito=Open|data=2022-04-07|lingua=it-IT|accesso=2023-07-08}}</ref> Secondo le agenzie di intelligence statunitensi, l'attacco è stato organizzato dai servizi di intelligence russi.
Da allora haHa lasciato la Russia, pur tornandovi per lavoro e facendo spesso sentire la sua voce in difesa dei prigionieri politici e criticando aspramente il governo.<ref>{{cita news|titolo=Евгений Миронов, Чулпан Хаматова, Иван Ургант призвали отпустить Женю Беркович из СИЗО — «Ciò che devi fare è quello che ho visto» похоронить свою бабушку» |titolotradotto=Evgeny Mironov, Chulpan Khamatova, Ivan Urgant [e altri] chiedono il rilascio di Zhenya Berkovich dalla detenzione - "almeno affinché possa rendere omaggio a sua nonna" |url=https://meduza.io/news/2023/11/20/evgeniy-mironov-chulpan-hamatova-ivan-urgant-prizvali-otpustit-zhenyu-berkovich-iz-sizo-hotya-by-dlya-togo-chtoby-ona-smogla-pohoronit-svoyu-babushku |accesso=20 novembre 2023 |opera=Meduza |lingua=ru}}</ref><ref>{{cita web|url=https://www.avvenire.it/mondo/pagine/ancora-mille-in-cella-non-dimentichiamoli|titolo=L'analisi. Ancora mille prigonieri politici nelle celle russe: non dimentichiamoli}}</ref>
Nel giugno 2023 Muratov ha venduto all'asta la medaglia del premio Nobel e devoluto il ricavato (103,5 milioni di dollari) per i bambini ucraini sfollati dalla guerra.
