Il 10 settembre [[2001]] Judge ridedicò una stazione ristrutturata del [[Bronx]]<ref name="N1"/>; in quest'occasione, descrisse il lavoro dei pompieri come "''una mansione che è mistero e sorpresa''", e invitò ad amarsi e a lavorare insieme<ref name="N1"/>.
L'11Il settembregiorno dello stesso annoseguente, alle 8:46 del mattino il primo aereo dirottato da [[Al Qaeda]] si schiantò contro il [[World Trade Center]]<ref name="N1"/>; il sacerdote accorse subito sul posto<ref name="N1"/>. In quei momenti, il sindaco [[Rudolph Giuliani]] gli chiese di pregare per loro;<ref name="Nx">{{cita web|url=https://saintmychaljudge.blogspot.it/2007/03/reserved-1.html|titolo=Mychal Judge's death: "Jesus, please end this right now!"|autore=John M. Kelley|editore=Saint Mychal Judge'|data=marzo 2007|lingua=en|accesso=5 agosto 2015}}</ref> a questo il francescano rispose affermando di farlo sempre. Anche altri preti andarono sul posto, ma Mychal fu l'unico ad entrare nell'edificio, dove diede [[assoluzione (religione)|assoluzioni]], pregò e diede assistenza fino alla morte. Quando venne ordinata l'evacuazione dell'edificio, il francescano si rifiutò di abbandonare le centinaia di pompieri là dentro. Sembra che Judge sia morto mentre dava l'[[estrema unzione]] ad un vigile del fuoco di cui era padre spirituale,<ref name="N4"/> ma ci sono alcuni dubbi sul fatto. In ogni caso, morì alle 9:59, quando la [[Torre Sud]] collassò, scagliando macerie verso la [[Torre Nord]], in cui si trovava Judge, che morì colpito dai detriti<ref name="N4"/>, a causa di un [[trauma cranico]], con una ferita sul retro della testa<ref name="Nx"/>. Pochi minuti prima di morire, Judge si arrampicò sull'ammezzato, dove si trovavano dei vigili del fuoco feriti; mentre vedeva numerose persone cadere nella piazza, pianse chiedendo a [[Gesù]] di far finire subito quanto avveniva.
Judge è la prima vittima registrata degli attentati<ref name="N1"/>, poiché il suo fu il primo cadavere ad essere stato recuperato.
