Dopo la occupazione di [[Gerusalemme]] est, dopo la [[guerra dei sei giorni]] nel giugno [[1967]], l'Università fu in grado di ritornare sul Monte Scopus e il campus venne ricostruito e completato nel [[1981]], anno in cui esso diventò nuovamente la sede principale dell'Università.
L'Università fu ancora una volta centro di conflitto il 31 luglio 2002, quando un manovale palestinese (che risiedeva nella [[Gerusalemme]] orientale) fece esplodere una bomba nella affollata caffetteria [[Frank Sinatra]] all'ora di pranzo. Nove persone (cinque israeliani, tre americanistatunitensi, e un bipolide franco-americanostatunitense) morirono nell'esplosione, e molte altre furono ferite. [[Hamas]] rivendicò la responsabilità dell'attacco. I principali rappresentanti del mondo politico internazionale, tra i quali il [[Segretario generale delle Nazioni Unite|segretario dell'ONU]] [[Kofi Annan]], il [[presidente degli Stati Uniti|presidente statunitense]] [[George W. Bush]] ed il [[presidente della Commissione europea]] condannarono pubblicamente l'attentato.<ref>{{Cita web |url=http://memorial.huji.ac.il/eng-open.html |titolo=HUJI Memorial Pages |accesso=13 ottobre 2008 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20170216103225/http://memorial.huji.ac.il/eng-open.html |urlmorto=sì }}</ref><ref>{{cita testo|url=http://www.mfa.gov.il/MFA/MFAArchive/2000_2009/2002/7/Terrorist%20bombing%20at%20Hebrew%20University%20cafeteria%20-|titolo=Attacco terrorista alla caffetteria dell'Università Ebraica}}</ref>
