Questi effetti sono in genere di lieve entità ed autolimitanti, cioè tendono a presentarsi nei primi giorni di assunzione per poi diminuire nel corso delle prime settimane di trattamento, specie per quanto riguarda i disturbi gastrointestinali. Gli effetti collaterali sulla sfera sessuale e l’apatial’anedonia tendono invece a comparire nel corso delle prime settimane di trattamento e talora a persistere nel corso dell'assunzione<ref>{{Cita pubblicazione|nome=A. L.|cognome=Montejo-González|data=1997-01-01|titolo=SSRI-induced sexual dysfunction: fluoxetine, paroxetine, sertraline, and fluvoxamine in a prospective, multicenter, and descriptive clinical study of 344 patients|rivista=Journal of Sex & Marital Therapy|volume=23|numero=3|pp=176-194|accesso=2016-12-30|doi=10.1080/00926239708403923|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9292833|nome2=G.|cognome2=Llorca|nome3=J. A.|cognome3=Izquierdo}}</ref>. Molto raramente puòPuò accadere che alcuni effetti indesiderati, in particolare le disfunzioni sessuali, persistano per un tempo indefinito (anche anni) dopo la sospensione del trattamento, dando origine alla [[PSSD|sindrome post-trattamento]].
In generale la paroxetina, rispetto agli altri [[Inibitori selettivi della ricaptazione della serotonina|SSRI]], ha una minore incidenza di diarrea e una maggiore incidenza di effetti collaterali anticolinergicicolinergici (sudorazione, bocca secca, sedazione), aumento di peso e disfunzioni sessuali<ref>{{Cita libro|titolo=Pharmacotherapy of Depression {{!}} Domenic A. Ciraulo {{!}} Springer|url=https://www.springer.com/us/book/9781603274340|accesso=2016-12-30}}</ref>.
