CASP: differenze tra le versioni
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== Selezione dei domini ==
Al fine di garantire che nessun predittore possa avere informazioni preliminari sulla struttura di una proteina che lo metterebbero in vantaggio, è importante che l'esperimento sia condotto in [[doppio cieco]]: né i predittori, né gli organizzatori e i valutatori conoscono le strutture delle proteine nel momento in cui vengono fatte le previsioni. Gli obiettivi per la previsione della struttura sono strutture che saranno presto risolte mediante [[cristallografia a raggi X]] o spettroscopia NMR, o strutture che sono state appena risolte (principalmente da uno dei centri di [[genomica strutturale]]) e sono tenute in sospeso dalla [[Protein Data Bank]]. Se si trova che la sequenza data è correlata per discendenza comune a una sequenza proteica di struttura nota (chiamata modello), è possibile utilizzare la modellazione proteica comparativa per prevedere la struttura terziaria. I modelli possono essere trovati utilizzando metodi di [[Allineamento di sequenze|allineamento della sequenza]] (es [[Basic local alignment search tool|BLAST]] o HHsearch) o metodi di threading proteico, che sono migliori per trovare modelli lontanamente correlati. Altrimenti, deve essere applicata la predizione della struttura proteica ''de novo'' (per esempio Rosetta), che è molto meno affidabile ma a volte può fornire modelli con il ripiegamento corretto (di solito per proteine inferiori a 100-150 amminoacidi). I nuovi ripiegamenti stanno diventando piuttosto rari tra i dominii,<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Tress, M.|anno=2009|titolo=Target ___domain definition and classification in CASP8|rivista=Proteins|volume=77|numero=Suppl 9|pp=10-17|doi=10.1002/prot.22497|PMID=19603487}}</ref><ref name="zhang2005">{{Cita pubblicazione|anno=2005|titolo=The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library|rivista=Proc Natl Acad Sci USA|volume=102|numero=4|pp=1029-1034|doi=10.1073/pnas.0407152101|PMID=15653774}}</ref> rendendo la categoria più piccola di quanto desiderabile.
== Valutazione ==
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