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Nelle epoche storiche che vanno fino al [[XVII secolo|Seicento]], questa zona fu quasi sicuramente interessata solo da [[agricoltura]] e [[pastorizia]]. Difficilmente fu utilizzata la costa, in quanto il fondale è generalmente molto basso (quindi non vi si possono attraccare imbarcazioni) e la riva, nei secoli passati si presentava acquitrinosa e malsana<ref>[https://web.archive.org/web/20080508034718/http://www.palesemacchie.it/index.php?option=com_content&task=view&id=20&Itemid=36 Palese in epoca romana sul sito di Palese Macchie -recuperato su web archive-]</ref>.
[[File:Titoloarenario.jpg|miniatura|sinistra|Il Titolo dell'Arenario (noto come "Titolo"): è uno dei cinque titoli che furono costruiti sul finire del XVI secolo, per indicare i confini tra i territori comunali di Bari e Bitonto. In un'incisione vi si legge ancora la data di costruzione (il 20 febbraio 1585)]]Il territorio di Palese fu, a partire dal [[XIII secolo]], testimone delle contese fra Bari e [[Bitonto]] per il possesso del vicino porto di [[Santo Spirito (Bari)|Santo Spirito]]<ref>{{Cita web|url=http://www.palesemacchie.it/index.php?option=com_content&task=view&id=21&Itemid=37|titolo=Palese Macchie - Epoca Medioevale - La Palizzata|sito=web.archive.org|data=2008-05-08|accesso=2019-02-06|dataarchivio=8 maggio 2008|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080508041322/http://www.palesemacchie.it/index.php?option=com_content&task=view&id=21&Itemid=37|urlmorto=sì}}</ref>, a causa delle quali furono poste, ai confini fra i due territori comunali, che corrispondevano all'attuale via Capitaneo, delle ''lapides terminales'', ossia lapidi di confine<ref>Libro Rosso dell'Università di Bitonto, documento I 1,3, pp. 67-72</ref>. Prima [[Isabella d'Aragona (1470-1524)|Isabella d'Aragona]] nel 1511 e poi sua figlia [[Bona Sforza]] nel 1527, dichiararono "zona promiscua" il suddetto territorio - tale zona diventava cioè proprietà sia barese che [[Modugno (Italia)|modugnese]] e l'Università di Modugno, in cambio di tale riconoscimento, che le consentiva uno sbocco sul mare Adriatico, pagava all'Università di Bari una tassa annua di 66 ducati<ref name=fonte>Documenti e cartografia storica</ref> -. Le contese territoriali si protrassero fino alla fine del [[XVI secolo]], quando gli [[Aragonesi]] fecero erigere i "[[Titolo confinario|titoli]]"; in questo caso opere in pietra, a forma di parallelepipedi cuspidati<ref>Il 16 maggio 1584 il Consiglio, presieduto dal Viceré e capitano Generale del [[Regno di Napoli|Regno]] don Pedro Fernandez de Castro conte di [[Lemos]], dopo aver ascoltato le ragioni delle due Università contendenti, stabilì i punti principali che delimitavano il confine tra le due città, sostanzialmente gli stessi del 1265 - Atti governativi del Regno di Napoli nel periodo Aragonese -</ref><ref>Atto notarile rogato verso la metà del XVIII secolo dal n. bitontino Francesco Martucci (copia di una lapide) - Archivio di Stato di Bari</ref>, che sostituendo quelli precedenti, ben più piccoli, segnavano i confini fra le due [[Universitas|Università]]<ref>[https://web.archive.org/web/20080508051546/http://www.palesemacchie.it/index.php?option=com_content&task=view&id=79&Itemid=106 Relazione (datata 20 aprile-9 maggio 1585) del perito agrario Michele Angelo Aczaro. Sito di Palese Macchie -recuperato su web archive-] - Libro Rosso dell'Università di Bitonto, pagg. 994-996, doc. CLXXXV -</ref>. Da questo momento ebbe probabilmente inizio l'influenza di Modugno sul territorio di Palese, influenza riconosciuta poi legalmente nel [[1809]], a seguito dell'abolizione dei territori promiscui (diretta conseguenza della [[Leggi eversive della feudalità|legge sull'abrogazione della feudalità]], emanata nel [[1806]])<ref>[https://web.archive.org/web/20080508050945/http://www.palesemacchie.it/index.php?option=com_content&task=view&id=22&Itemid=38 Il Cinquecento sul sito di Palese Macchie -recuperato su web archive-]</ref>.
[[File:Cippobrencola.jpg|miniatura|upright=0.7|Il cippo ''di via Torre Brencola'' (sec. XVII), sulla cui lapide è riconosciuta la concessione in enfiteusi del terreno. Fu una delle prime concessioni agrarie]]'''Macchie''', la parte a sud del quartiere e territorialmente più estesa, era un tempo costituita da gruppi di case contadine sparse nella campagna, rigogliosa di piante e macchia mediterranea (da qui il nome), ed è sempre stata frazione di Bari.
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