Il 20 ottobre presenta le proprie dimissioni da deputato, per l'incompatibilità della carica con quella di [[presidente della Regione]]<ref>{{Cita web|lingua=it|url=https://www.anconatoday.it/politica/marche-acquaroli-dimissioni-camera-deputait.html|titolo=Regione Marche, Acquaroli comunica le dimissione dalla Camera dei deputati|sito=AnconaToday|accesso=2025-04-01}}</ref>, che vengono accolte il 22 ottobre e venendo sostituito da [[Lucia Albano]].<ref>{{Cita web|lingua=it|url=https://www.anconatoday.it/politica/regione-marche-acquaroli-deputato-dimissioni.html|titolo=Regione Marche, il presidente Francesco Acquaroli si è dimesso da deputato|sito=AnconaToday|accesso=2025-04-01}}</ref><ref>{{Cita web|lingua=it|autore=Paolo Burzacca|url=https://www.cronachemaceratesi.it/2020/09/21/alla-camera-lucia-albano-subentra-ad-acquaroli-festeggero-a-casa/1448909/|titolo=Alla Camera Lucia Albano subentra ad Acquaroli «Festeggerò a casa»|sito=Cronache Maceratesi|data=2020-09-21|accesso=2025-04-01}}</ref>
Verso la fine del 2021 istituisce l{{'}}''Agenzia per il Turismo e per l'Internazionalizzazione delle Marche'' (ATIM),<ref>{{Cita web|lingua=it-IT|url=https://www.regione.marche.it/News-ed-Eventi/Post/81313/Nasce-l-ATIM-la-nuova-Agenzia-regionale-per-il-turismo-e-l-internazionalizzazione|titolo=Nasce l’ATIM, la nuova Agenzia regionale per il turismo e l'internazionalizzazione|sito=Regione Marche|accesso=2025-04-01}}</ref> per la quale fa stanziare circa 12 milioni di euro per il suo funzionamento in appena due anni, finendo al centro di un'[[inchiesta giornalistica]] di ''[[Report]]'', che riporta come la [[Corte dei conti (Italia)|Corte dei conti]] ritenga l'ATIM un "''doppione inutile e costoso dell'assessorato al Turismo''".<ref>{{Cita web|url=https://www.rai.it/programmi/report/inchieste/Lets-Marche-008093e3-46a9-4bae-ae74-bb902821f785.html|titolo=Let's Marche!|sito=[[rai.it]]|data=19 gennaio 2025}}</ref><ref>{{Cita web|lingua=it|autore=Giulia Sancricca|url=https://www.cronachemaceratesi.it/2025/01/20/il-caso-atim-finisce-su-report-acquaroli-in-difficolta-e-nervoso-gioca-allo-scaricabarile/1926841/|titolo=Il caso Atim finisce su Report, Acquaroli in difficoltà e nervoso gioca allo scaricabarile|sito=Cronache Maceratesi|data=2025-01-20|accesso=2025-04-01}}</ref>
In occasione delle [[elezioni regionali nelle Marche del 2025]], annuncia la sua ricandidatura alla presidenza della regioneRegione, sostenuto sempre dalla coalizione di [[Centro-destra in Italia|centro-destra]], ovvero [[Fratelli d'Italia (partito politico)|Fratelli d'Italia]], [[Lega per Salvini Premier|Lega]], [[Forza Italia (2013)|Forza Italia]], [[Noi moderati|Noi Moderati]] e [[Unione di Centro (2002)|UdC]], con l'aggiunta di [[Gian Mario Spacca|Base Popolare]] e delle liste "Civici Marche" e "Marchigiani con Acquaroli".<ref>{{Cita web|lingua=it|autore=f ben 12 aprile 2025 20:47 Facebook WhatsApp|url=https://www.anconatoday.it/politica/elezioni-regionali-marche-2025-2026-francesco-acquaroli-candidatura-oggi.html|titolo=Verso le Regionali, parte la corsa di Acquaroli: «5 anni positivi, raggiunti risultati straordinari»|sito=AnconaToday|accesso=2025-09-09}}</ref> Sfida, dunque, il candidato del "campo largo" ([[Centro-sinistra in Italia|centro-sinistra]] e [[M5S]]) [[Matteo Ricci (politico 1974)|Matteo Ricci]].
