*'''Il Principe''': è il protagonista della storia<ref name="Personaggi">{{cita web|url=http://www.konami.jp/gs/game/yugioh_fm/sdm_chr.html|titolo=Characters|editore=[[Konami]]|lingua=en|accesso=18 agosto 2018|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20111128002314/http://www.konami.jp/gs/game/yugioh_fm/sdm_chr.html|dataarchivio=28 novembre 2011}}</ref>. Il suo nome viene scelto dall'utente a inizio gioco (Benchébenché si tratti comunque del [[Atem (personaggio)|principe Atem]]). La sua passione è giocare a [[Yu-Gi-Oh! (gioco di carte)|Yu-Gi-Oh!]], ma visto che duella spesso in un negozio frequentato da comuni cittadini è costantemente sgridato dal suo tutore, Simon Muran.
* '''Simon Muran''': è il tutore del principe; secondo quello che racconta nel gioco è stato lui a insegnare al principeinsegnargli il gioco e le tattiche<ref name=Personaggi/>. Si direbbe un uomo abbastanza anziano, e porta sempre una tunica che ricopre completamente il corpo, tranne mani e occhi. Lui stesso dona il Puzzle del Millennio al principe.
* '''Heishin''': è un mago malvagio dello stesso paese del principedell'Egitto, e che a inizio gioco, riesce ad impossessarsi del potere ribellandosi agli ordini reali grazie ad alcuni suoi seguaci<ref name=Personaggi/>. Il suo scopo è di raggruppare tutti gli oggetti del millennio per diventare il faraone e per avere il potere sudominare tutto il mondo.
* '''Seto''': è il braccio destro e pupillo del mago Heishin, al quale però, ha intenzione di ribellarsi facendo il doppiogioco. Infatti,Aiuta aiutainfatti il principe in alcune occasioni per puro interesse aspettando il momento opportuno per mostrare le sue vere intenzioni.
* '''Jono''': è un amico del principe che si incontra spesso nel negozio., Questo personaggio aiuta il principeaiutandolo nelle situazioni difficili<ref name=Personaggi/>.
* '''Teana''': è la migliore amica del principe; anch'essa è una ragazza che gioca nel negozio<ref name=Personaggi/>.
