Primo di tre figli, Daniel nacqueè nato e crebbecresciuto a [[Exeter (New Hampshire)|Exeter]], nel [[New Hampshire]]. Suo padre Richard insegnava matematica alla [[Phillips Exeter Academy]] e dal [[1968]] al [[1997]] scrisse alcuni testi scolastici su questa materia vincendo un importante ''Presidential Award'' ed era, di origini [[Inghilterra|inglesi]], [[Irlanda|irlandesi]], [[Scozia|scozzesi]] e [[Francia|francesi]]<ref>https://marriedbiography.com/dan-brown-biography/</ref> , era insegnante di matematica alla [[Phillips Exeter Academy]] e scrisse alcuni testi scolastici tra il [[1968]] e il [[1997]], vincendo un importante ''Presidential Award''. Sua madre Costance (nata Gerhard) discendevaoriginaria dadi una famiglia di tedeschi della Pennsylvania ([[Pennsylvania Dutch]])<ref>{{Cita web|lingua=it|url=https://www.geni.com/people/Dan-Brown/6000000065875328000|titolo=Dan Brown|sito=geni_family_tree|data=2020-03-23|accesso=2025-03-18}}</ref><ref>{{Cita web|lingua=en|url=https://www.americamagazine.org/issue/575/article/schwenkfelder-code|titolo=The Schwenkfelder Code|sito=America Magazine|data=2006-06-05|accesso=2025-03-18}}</ref> ed era una musicista di professione, molto legata al coro della chiesa, di cui era l'organista.
Fin da piccolo Brown è cresciuto in un clima familiare dove si cercava di conciliare scienza e fede, visto che il padre aveva una mentalità più aperta al mondo scientifico mentre la madre un'idea più religiosa. I suoi genitori lo portavano spesso presso un lago dove l'intera famiglia Brown si riuniva per delle preghiere per poi trascorrere piacevoli fine settimana. Da ragazzo Brown è stato spesso impegnato con [[anagrammi]] e cacce al tesoro ben strutturate dal padre, che li organizzava in occasione di compleanni o festività ricorrenti. In particolare a Natale Brown e i suoi fratelli dovevano cercarsi da soli i regali, spesso vagando anche per la città. {{Senza fonte|Questa esperienza l'ha davvero ispirato quando si trattò di scrivere il 23º capitolo de ''[[Il codice Da Vinci]]''}}.