Il vasto territorio comunale (oltre 29 kmqkm²) è situato al confine con la Regione [[Piemonte]] (località Ponte di [[Oleggio]]) e con la Provincia di [[Milano]], all'estremità sud ovest della Provincia di [[Varese]]. Il centro abitato di Lonate Pozzolo è situato a '''205 metri di altezza''', e la particolare orografia del terreno fa passare dai '''142 metri''' sul livello del mare della località Ponte di Oleggio ai '''210''' del punto più alto. Da Lonate è possibile raggiungere facilmente l'Autostrada A8 Milano-Laghi (casello di [[Gallarate]] a 9 km), nonché l'Autostrada Milano-Torino (casello di Novara Est - Galliate a 18 km).
Lonate Pozzolo si rova poi intorno a numerose città, dista infatti 9 Km da [[Gallarate]], 8 Km da [[Busto Arsizio]], 35 Km da Varese e 32 Km da Novara.