Nella sua più celebre opera ''Il problema dell'ateismo'' (del [[1964]]) Del Noce inizia l'analisi della storia della filosofia moderna invertendo il paradigma [[storicismo|storicistico]] e [[positivismo|positivistico]] che nel [[progressismo]] aveva la sua cifra comune. Il filosofo afferma infatti che tale paradigma di illuministica origine ha come prima condizione d'esistenza la postulazione dell'[[ateismo]] come necessità del progredire dei sistemi filosofici e delle scienze a prescindere dalla teologia cristiana, cioè a prescindere dalla [[Scolastica]], anzi in più o meno esplicita opposizione alla Scolastica. La tesi che Del Noce intende dimostrare in questa sua opera è -come evidenzia appunto il titolo- la considerazione dell'ateismo non più come «necessità» bensì come «''problema''» della modernità, il cui ultimo, coerente e necessario sbocco è appunto il [[nichilismo]] post-nietzscheano distaccato ormai da qualsiasi riflessione filosofica e sfociato in una pura forma di vita, in puro ''way of life'' di distruzione e auto-distruzione dell'uomo. Del Noce pone quindi innanzitutto una distinzione fra tre diverse forme di ateismo, ovvero fra l'ateismo positivo o politico («diurno»), i cui esempi perfetti sono stati l'illuminismo di un [[Denis Diderot|Diderot]] o l'umanesimo di un [[Ludwig Feuerbach|Feuerbach]], l'ateismo negativo o nichilistico («notturno»), esemplificato invece dalla filosofia di [[Arthur Schopenhauer|Schopenhauer]], e infine l'ateismo tragico, detto anche «follia filosofica», cioè la forma più rara e particolare di ateismo che Del Noce trova solo in due casi nellain tutta la storia della filosofia, ovvero in [[Friedrich Nietzsche|Nietzsche]] e in [[Jules Lequier]]. Posta questa propedeutica distinzione, Del Noce inizia l'anamnesi del pensiero filosofico moderno per rintracciare la genesi di ogni forma di ateismo, impossibile da pensarsi per la filosofia antica come dimostra il fatto che anche la filosofia epicurea -considerata comunemente come ateistica- ammetteva in realtà l'esistenza degli dèi. Per Del Noce appare evidente che la crisi della Scolastica medievale non ha costituito un processo necessario per il semplice fatto che proprio colui che aveva intenzione di riformarla -cioè Cartesio- fu proprio colui che in realtà la tradì e se ne allontanò: è nelle celeberrime ''Meditazioni filosofiche'' che il filosofo francese -allievo dei Gesuiti- tentò di riproporre una nuova prova dell'esistenza di Dio da opporre al naturalismo libertinista del [[Seicento]], che predicava relativismo etico e che sostituiva il Dio-''Logos'' con la Natura impersonale e senza ordine. In realtà però Descartes, nel suo sforzo apologetico, compì il definitivo tradimento della filosofia cristiana riattingendo all'[[agostinismo]] senza alcuna radice di [[platonismo]] e considerando così le idee dei semplici «contenuti della mente». In altrr parole se l'idea di Dio, quantunque logicamente necessaria, non è il riflesso intellettivo di una realtà ontologica esterna al soggetto, ma è una semplice struttura logica, allora vale realmente la critica kantiana della prova ontologica di [[Sant'Anselmo d'Aosta|Sant'Anselmo]] secondo la quale non è lecito aggiungere il predicato dell'esistenza alla perfezione dell'idea se non per un [[paralogismo]]. Del Noce in sintesi ha mostrato come il tradimento e la perdita della Scolastica, attuata innanzitutto da Cartesio, ha come punto centrale l'idea di [[Idea]], che è passata ad essere surrettiziamente da struttura del reale a struttura del razionale, passando quindi dal dominio dell'[[ontologia]] a quello della [[psicologia]]. Per questo non vi è alcuna spiegazione se non il rifiuto pregiudiziale di riconoscere uno statuto ontologico all'idea, cosicchè non vi sarebbe appunto alcun ''necessità'' di trapasso della Scolastica nè tantomeno alcuna necessità di genesi del [[razionalismo]]; in tal senso la famosa critica di Kant varrebbe quindi solo contro Cartesio e non contro Sant'Anselmo, il cui platonismo permetteva ancora di inferire la «perfezione» dell'esistenza dall'idea dell'Essere con ogni perfezione, cioè dall'idea di Dio.
