Open reading frame: differenze tra le versioni

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Versione delle 08:56, 31 ago 2008

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{{U|coding DNA sequence|biologia|agosto 2008}}

La '''Open Reading Frame''' (sigla '''ORF''') èo '''DNA/RNA codificante''' (o '''Coding DNA Sequence''' [sigla '''CDS'''] se riferita specificamente al DNA) indica la parte (o sequenza) di [[DNA]] o [[RNA]] che codifica per una [[proteina]].

In un [[gene]] le ORF si trovano comprese fra la sequenza di inizio ([[codone]] d'inizio) e la sequenza di stop (codone di terminazione).

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Più problematico è il caso degli organismi [[eucarioti]] in quanto la maggior parte del DNA contenuto in una ORF (quella costituita dagli introni appunto), non viene tradotta; questa è la ragione per cui, in questo caso, una ORF può essere trovata soltanto andando ad analizzare l' [[mRNA]] una volta sottoposto al processo di [[splicing]].

===Rapporto con la sequenza di Kozak===

Nel DNA, la CDS si trova all'interno degli [[esone|esoni]] ed inizia con una sequenza abbastanza ricorrente detta [[sequenza di Kozak]], composta dalla sequenza ATG la quale si può presentare in 3 varianti:<br>

1) La prima presenta in posizione -4 rispetto alla CDS, intendendo con (-) i [[nucleotide|nucleotidi]] presenti nella sequenza, una [[adenosina]] o una [[guanina]] (es. '''A'''TCG'''ATG''')<br>

2) La seconda presenta una [[guanosina]] subito dopo la sequenza di inizio (es. '''ATGG''')<br>

3) La terza presenta in posizione +3 una guanosina ('''ATGG''').

Queste varianti non sono accessorie, ma possono avere notevole importanza nella scelta di quale sequenza venga tradotta, poiché la presenza di queste favorisce l'attacco dei complessi di traduzione in determinati punti rispetto ad altri, cosa molto importante in sequenze che possono dare potenzialmente più trascritti.

La sequenza CDS termina in determinate sequenze, dette di Stop, che corrispondono generalmente alla tripletta TGA.

===Collegamenti esterni===