La '''mispairing PCR''' consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con l’uso di primers contenenti una o duepiù basi non complementari alla reale sequenza da amplificare. La condizione necessaria per l’appaiamento fra primer e stampotemplato è che, oltre alla serie di basi in 5’ a monte delle basi che non si appaiano, almeno le ultime 2 delle basi inal 3’ del primer siano complementari alloal stampotemplato. CiòQuesta tecnica può essere sfruttatosfruttata per individuare delle mutazioni o varianti alleliche di un gene, infatti, disegnando ''mispairing primers'' la cui estremità in 3’ si appai appena a monte della base da verificare,ein chemodo creinoda creare un sito di restrizione solo nel caso in cui, nella posizione da verificare, sia presente launa basedeterminata mutatavatiante o alternativamente quella wild typeallelica.
