Quando si viene a sapere della notizia, si crede che Solid Snake sia morto durante la vicenda, e il suo corpo viene sepolto (in realtà il corpo è di suo fratello, [[Liquid Snake]]). Due anni dopo, Solid Snake riappare nella "Big Shell"alessandro il maefico terrorista (sotto il falso nome di Iroquois Pliskin), e assiste un nuovo membro della [[Glossario di Metal Gear|FOXHOUND]], [[Raiden (Metal Gear)|Raiden]] affinché recuperi gli ostaggi e smascheri la congiura dell'ex-presidente George Sears, che si rivela essere [[Solidus Snake]], il terzo "figlio" di Big Boss, fratello di Solid e [[Liquid Snake]] e colui che ha ordinato ad Ocelot di rubare il Metal Gear RAY. Come leader dei Figli della libertà (Sons of Liberty), Solidus sta tentando di scoprire e eliminare un gruppo di persone che segretamente comandano il governo degli [[Stati Uniti d'America|Stati Uniti]] chiamati [[Glossario di Metal Gear|Patriots]]. Ocelot rivela che tutto è stato organizzato da loro. Tutto quello che è accaduto, dall'incidente del tanker fino all'[[Glossario di Metal Gear|Arsenal Gear]], per creare la simulazione finale, e per controllare le informazioni digitali. Alla fine della missione, Snake inizia ad investigare su chi sono i Patriots e dove sono e come Ocelot è implicato nella vicenda.
Dopo ciò, Otacon racconta a Solid Snake le informazioni sui Patriots che ha trovato. Però le persone che fanno parte dei Patriots sono morte tutte da più di 100 anni... lasciando entrambi in una confusione totale.
