Il plasmodesma è formato da un canale attraverso la parete delimitatadelimitato dalla [[membrana plasmatica]] e contenente al centro una struttura tubulare del [[reticolo endoplasmatico]] che prende il nome di "[[desmotubulo]]". Inizialmente, si pensava che attraverso il desmotubulo avvenissero scambi di ioni e piccole molecole, ma tale ipotesi è stata smentita in quando le membrane che formano il tubulo sono addossate e non vi è spazio all'interno di esso.
Restava perciò fonte di perplessità la selettività dei plasmodesmi (che, in genere, non lasciano passare molecole più grandi di 1000 [[Unità_di_massa_atomica|Dalton]]) malgrado la loro dimensione: i plasmodesmi infatti sono molto più grandi delle più grandi molecole che lo possono attraversare. Questo è dovuto dalla presenza del desmotubulo al centro e di proteine associate alad desmotubuloesso o alpresenti sul lato interno della membrana plasmatica che circonda il plasmodesma. Queste proteine ingombrano il canale precludendo il passaggio a molecole troppo grosse. Studi di microscopia elettronica inoltre dimostrano la presenza di proteinaproteine globulari vicino alle cellule comunicanticollocate nello spazio tra membrana e parete vicino al bordo delle cellule comunicanti. Tali proteine formano un restringimento delle imboccature del plasmodesma che prende il nome di "collo", e sono visibili ancheal [[microscopio elettronico a scansione]] perché provocano una "gobba" nella membrana plasmatica delle cellule comunicanti intorno al plasmodesma che prende il nome di "Anulus". '''Si ipotizza''' che tali proteine possano variare il loro ingombro in modo da agire some uno [[sfintere]] permettendo il passaggio di talune molecole troppo grandi per passare normalmente, ma solo una volta riconosciute. Per questi motivi il trasporto simplastico (mediante membrane e plasmodesmi) è selettivo. È possibile che tali proteine possano chiudere completamente il plasmodesma, e questo spiegherebbe l'esistenza di campi simplastici differenti, ma sono necessari ulteriori studi.
