Atlas è furioso per l'accaduto, è disposto a farsi giustizia uccidendo Andrew Ryan, l'uomo che ha causato la morte di sua moglie e suo figlio, ma che ha inoltre le '''chiavi''' di Rapture, pernecessarie fuggire dalla città. Non esita a fare partecipe Jack della sua decisione, rendendolo di fatto un suo complice.
Ryan, siche tienecontrolla sullatutta difensivaRapture uccidendoe follementesa addell'intento di Jack ed Atlas, ricorre a misure drastiche, iniettando un potentissimo pesticida nel sistema d'irrigazione delle serre dell'Arcadia, uccidendo così tutte le piante presenti, le quali sono indispensabili al mantenimento della città in quanto uniche portatrici di ossigeno. Jack collabora allora nientemeno che con la moglie di Ryan, la '''dot.ssa Langford'''; quest'ultima decide di aiutarli a far ricrescere le piante con una formula (il ''vettore Lazarus''), ma anch'ella, rinchiusa nel suo studio, viene uccisa senza pietà dal marito tramite gas letale davanti agli occhi di Jack. Tuttavia, la dottoressa, prima di spirare riesce a dare al protagonista la formula del vettore Lazarus, per realizzare il quale avrà bisogno di vari componenti chimici reperibili al Farmer's Market. Non senza difficoltà riesce a sintetizzare il potentissimo ricostituente, ad immetterlo nelle condotte di nebulizzazione ed irrigazione e a salvare la situazione.
Ryan stesso si stupisce della tenacia di Jack e lo accusa via radio di essere un "discepolo di Atlas", con il quale a quanto pare ha già avuto a che fare e che definisce "l'unico scarafaggio non ancora eliminato". Jack, con grande gioia di Atlas, avanza a Fort Frolic, sempre più vicino a Ryan.
