Un incidente aereo porta Jack nei pressi di quello che sembra un faro curiosamente staccato dalla terraferma. In cerca di aiuto vi entrerà finendo in ciò che in realtà è l'entrata addi una batisfera che lo porterà a Rapture, l'utopia sottomarina. Appena arrivato si rende conto del clima ostile dell'ambiente. La sua sopravvivenza dipende da un certo '''Atlas''',che lo contatta tramite la radio della batisfera e che si dichiara un cittadino la cui famiglia è stata rapita da dei ricombinanti al soldo di Ryan e che gli promette d'aiutarlo, purché lui si rechi a Neptune's Bounty per liberare sua moglie Moira e suo figlio Patrick. Jack incontra non pochi ostacoli al raggiungimento del suo obiettivo. I ricombinanti sono dovunque, pericolosi e disperati. Jack non avrebbe possibilità se non fosse che Atlas lo convince a fare uso di Plasmidi per potenziare il suo genoma. Durante il suo cammino incontra anche un'inquietante creatura, simile ad una bambina, ma mortalmente pallida e dagli occhi di un giallo intenso: é una '''sorellina'''. Atlas gli spiega come il bisogno di Adam abbia portato Ryan al finaziamentofinanziamento di un progetto mostruoso volto alla creazione di tali ibridi. A delle bambine è stata impiantata nello stomaco la lumaca di mare generatrice dell'Adam. In questo modo delle semplici bambine, sono diventate delle chimere attratte dall'Adam ed addestrate a raccoglierlo ed estrarlo dalle lumache marine o dai cadaveri dei ricombinanti morti. Per proteggerle dai cacciatori di Adam sono stati crati i '''Big Daddy''', enormi creature geneticamente modificate e rinforzate da corazze armate.
Poco prima di arrivare a destinazione la strada gli viene sbarrata da ogni parte dallo stesso Andrew Ryan, che lo riconosce come un intruso e, se Atlas non fosse intervenuto bypassando il circuito elettrico ed aprendogli la porta verso il Padiglione Medico, lo avrebbe lasciato intrappolato alla mercé dei ricombinanti.
