In ''Braid'' vestiamo i panni di Tim, un uomo in cerca di una principessa rapita da "un mostro orribile e malvagio".<ref name="oxm story"/> La sua relazione con questa principessa è molto vaga, ed è chiaro solamente che Tim ha commesso una sorta di errore che li ha divisi, e ora spera di sistemare o eliminare questo errore. Quando si prosegue nei sei mondi di ''Braid'', i libri posti all'entrata dei livelli ci forniscono altri dettagli della missione di Tim. I temi includono perdono, desiderio e frustazione.<ref name="oxm story"/>
Nel livello finale, nel quale il giocatore muove Tim al contrario del normale corso del tempo, vediamo finalmente la principessa: questa sembra fra le maniprigioniera di un cavaliere, e durante illo svolgimento del livello sembra che aiutistia aiutando Tim ad attraversare svariati ostacoli, per arrivarepoi aricongiungersi casacon lui. Tuttavia, quando si ripete il livello termina, rivediamo le varie azioni sotto un altro aspetto, ovvero seguendo il vero corso della storia,: scopriamo così che la principessa sta in realtà scappando da Tim, eche stain cercandorealtà diattiva scapparele da luitrappole per cercarerallentare la sua marcia e che infine si salvezzagetta fra le braccia del cavaliere.<ref name="oxm story"/>
Dopo avere completato il livello, il giocatore può approfondire la storia leggendo altri testi durante un epilogo: tuttavia questi frammenti sono molto ambigui, e dotatidestinati diad avere moltediverse interpretazioni.<ref name="oxm story">{{cite web| title = Braid's Ending Explained| publisher = ''Official Xbox Magazine (UK)''| date = 2008-08-12| url=http://www.oxm.co.uk/article.php?id=5666}}</ref> Una teoria è basata sull'inclusione in uno di questi frammenti della celebre frase pronunciata da [[Kenneth Bainbridge]] dopo la [[Trinity test|prima detonazione della bomba atomica]]: "Now we are all sons of bitches" (ora siamo tutti figli di puttana). Questo, ed alcunealtre frasi precedenti, potrebbe far suggerire comeche la principessa rappresenti la bomba.<ref name="oxm story"/> Blow ha affermato che non esiste una sola interpretazione della trama,<ref>{{cite web | url = http://www.podtoid.com/podtoid-66-braidtoid/ | title = Podtoid 66: Braidtoid | date = 2008-08-21 | accessdate = 2009-02-18 | publisher = Destructoid}}</ref> e che egli stesso non sarebba capace di spiegarla nella sua interezza.<ref>{{cite web | url = http://www.joystiq.com/2008/09/25/joystiq-interview-blow-unravels-braid-in-post-mortem/ | title = Joystiq interview: Blow unravels Braid in postmortem | publisher = [[Joystiq]] | first = Justin | last = McElroy | date = 2008-09-25 | accessdate = 2009-02-18}}</ref>
