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Come gli altri pesci, lo squalo estrae l'[[ossigeno]] dall'[[Acqua di mare|acqua marina]] al passaggio nelle [[branchia|branchie]]. Le fessure branchiali non sono tuttavia coperte come accade negli altri pesci, e sono disposte in fila sulla parte posteriore della testa. Un'apertura modificata, chiamata "sfiatatoio", è posizionata proprio dietro gli [[occhio|occhi]]. Questa apertura ha lo scopo principale di agevolare l'ingresso dell'acqua durante la [[respirazione]] e gioca un ruolo assai importante per gli squali che vivono sui fondali, mentre è praticamente inesistente negli squali [[Dominio pelagico|pelagici]] del giorno d'oggi<ref name="Gilbertson">{{cita libro| cognome = Gilbertson| nome = Lance |titolo = Zoology Laboratory Manual| editore = McGraw-Hill Companies, Inc.| anno = 1999| città = New York|id= ISBN 0-07-237716-X|lingua=inglese}}</ref>. Durante il movimento, l'acqua può passare attraverso la [[bocca]] e quindi raggiungere le branchie dello squalo: questo processo è noto come ventilazione ad ingoio. Anche a riposo, molti squali pompano acqua attraverso le branchie per assicurarsi una riserva costante di acqua ossigenata. Una piccola parte delle specie di squalo trascorre l'intera vita nuotando in immersione: questo comportamento è comune ad esempio nello [[squalo volpe pelagico]] (''Alopias pelagicus''). Gli squali con queste caratteristiche hanno perso la facoltà di pompare acqua attraverso le branchie, e sono permanentemente costretti alla respirazione per ingoio. Se per qualche motivo accade che non si possano mantenere in movimento sono condannate all'asfissia (qualcosa di analogo accade per alcune specie di pesci ossei)<ref>{{cita web|titolo= Deep Breathing |url=http://www.textbookleague.org/73shark.htm |accesso=28-08-2007|autore=William J. Bennetta|anno=1996|opera=The textbook league|lingua=en}}</ref>.
I processi di respirazione e [[Apparato circolatorio|circolazione]] iniziano quando il [[sangue]] deossigenato raggiunge il [[cuore]] bipartito dello squalo. Qui il sangue viene pompato alle branchie attraverso l'[[aorta]] ventrale che poi si dirama nelle [[arteria|arterie]] branchiali afferenti. In corrispondenza delle [[branchie]] il sangue viene riossigenato ed in seguito scorre nelle arterie deferenti branchiali, che si uniscono nell'aorta dorsale. Di lì il sangue ossigenato fluisce verso le varie parti del corpo. Il sangue nuovamente impoverito di ossigeno viene poi raccolto dalle parti periferiche del corpo attraverso le [[Vena|vene]] posteriori cardinali ed entra nella
Diversamente dai pesci ossei gli squali non sono dotati di [[vescica natatoria]] per favorire la nuotata, ma si affidano a quel grosso serbatoio contenente un olio chiamato [[squalene]] che è il loro [[fegato]]. Il fegato può costituire il 30% della massa galleggiante dell'animale<ref name="Collins">{{en}}{{cita libro | cognome = Compagno | nome = Leonard | coautori = Marc Dando;Sarah Fowler | titolo = Sharks of the World | editore = Collins Field Guides | anno = 2005|id= ISBN 0-00-713610-2}}</ref>. La sua efficacia è però limitata e gli squali devono ricorrere alla [[inerzia|spinta inerziale]] per mantenere [[profondità (liquidi)|profondità]] e continuare ad affondare quando smettono di nuotare per qualche motivo. Alcune specie di squalo, se capovolte o colpite sul muso, entrano in un naturale stato di immobilità e i ricercatori utilizzano questo stratagemma per approcciare questi pesci senza pericolo. Sembra che questo processo sia in qualche modo legato alla respirazione<ref>{{en}}{{cita libro| cognome = Pratt| nome = H. L. Jr| coautori = S. H. Gruber; T. Taniuchi| titolo = Elasmobranchs as living resources: Advances in the biology, ecology, systematics, and the status of the fisheries| editore = NOAA Tech Rept.| anno = 1990}}</ref>. Gli [[Squalo toro|squali toro]] (''Carcharias taurus'') utilizzano una strategia natatoria diversa: deglutiscono dell'aria dalla superficie e la conservarvano nello [[stomaco]], che sfruttano come fosse una vescica natatoria<ref>{{en}}{{Cita libro|curatore=Carpenter K.E., Niem V.H.|autore=L.J. Compagno|coautori=V.H. Niem|titolo=FAO identification guide for fishery purposes. The Living Marine Resources of the Western Central Pacific|capitolo=Odontaspididae. Sand tiger sharks|editore=[[Organizzazione per l'Alimentazione e l'Agricoltura|FAO]]|città=Roma|lingua=inglese|pagine=1266|
url_capitolo=ftp://ftp.fao.org/docrep/fao/009/w7192e/w7192e44.pdf|formato=PDF|accesso=06-04-2009|anno=1998}}</ref>.
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