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Versione delle 14:38, 29 lug 2009

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Le ORF vengono normalmente individuate spostandosi lungo i frammenti di DNA durante la ricerca della localizzazione di un gene

Considerando che vi sono [[organismo|oganismiorganismi]] che presentano delle variazioni nella sequenza del codone d'inizio, la ricerca di una ORF può essere differente, sfruttando ad esempio degli [[algoritmo|algoritmi]] basati costruiti su tutti i codici genetici esistenti (inclusi quelli alterati) e su tutte le possibili modalità di lettura.

È risaputo che, l'esistenza di una ORF, particolarmente se lunga, è una buona indicazione della presenza di un gene nella sequenza posta nelle immediate vicinanze. In tal caso, la ORF stessa fa parte della sequenza che verrà tradotta dai [[ribosoma|ribosomi]], comprendendo in tutta la sua lunghezza anche le parti che verranno eliminate prima della [[sintesi proteica]], vale a dire gli [[introne|introni]].

===La ricerca delle ORF nei procarioti e negli eucarioti===

Una volta stabilita la sequenza del gene è importante determinare la ORF corretta. Per gli organismi con DNA a doppia elica, la sequenza può essere stabilita in sei modalità di lettura, tre in un verso e tre nel verso opposto. Negli organismi [[procarioti]], la sequenza più lunga che risulta priva di un codone di terminazione costiutuiscecostituisce di fatto una ORF.

Più problematico è il caso degli organismi [[eucarioti]] in quanto la maggior parte del DNA contenuto in una ORF (quella costituita dagli introni appunto), non viene tradotta; questa è la ragione per cui, in questo caso, una ORF può essere trovata soltanto andando ad analizzare l' [[mRNA]] una volta sottoposto al processo di [[splicing]].

===Rapporto con la sequenza di Kozak===

Nel DNA, la CDS si trova all'interno degli [[esone|esoni]] ed inizia con una sequenza abbastanza ricorrente detta [[sequenza di Kozak]], composta dalla sequenza ATG la quale si può presentare in 3 varianti:<br>

1)# La prima presenta in posizione -4 rispetto alla CDS, intendendo con (-) i [[nucleotide|nucleotidi]] presenti nella sequenza, una [[adenosina]] o una [[guanina]] (es. '''A'''TCG'''ATG''')<br>

2)# La seconda presenta una [[guanosina]] subito dopo la sequenza di inizio (es. '''ATGG''')<br>

3)# La terza presenta in posizione +3 una guanosina ('''ATGG''').

Queste varianti non sono accessorie, ma possono avere notevole importanza nella scelta di quale sequenza venga tradotta, poiché la presenza di queste favorisce l'attacco dei complessi di traduzione in determinati punti rispetto ad altri, cosa molto importante in sequenze che possono dare potenzialmente più trascritti.

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La sequenza CDS termina in determinate sequenze, dette di Stop, che corrispondono generalmente alla tripletta TGA.

===Collegamenti esterni===

*{{en}} [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/ Programma per la ricerca di ORF (in inglese)]

===Collegamenti esterni===

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/ Programma per la ricerca di ORF (in inglese)]

[[Categoria:DNA]]