Tra i problemi strutturali di Segrate c' è quello dell' inesistenza di un parco pubblico "proporzionato alla popolazione residente".
Inoltre molti residenti di Segrate si lamentano anche della completa mancanza di esercizi commerciali nel centro (situazione che spinge gli abitanti a prendere di frequente l'auto) e in genere di scelte architettoniche che tendono più a costruzioni anonime e alla cementificazione.
Segrate ha gravi problemi di inquinamento acustico, inquinamento che attanaglia i cittadini del comune, e nel 2009 il sindaco ha ricevuto una diffida a causa del superamento, ben oltre i 65 decibel consentiti,dei limiti.
Gravi problemi di inquinamento acustico provengono anche dal vicino aeroporto di Linate dove ogni giorno decollano e atterrano decine di aerei.
E' tutto il comune a soffrirne ma sono soprattutto i residenti della zona di Redecesio ad avere i danni maggiori tant'è che in passato alcuni di loro hanno presentato un ricorso contro il ministero dei trasporti e l' Enac. Nel corso del tempo sono state provate rotte aeree alternative ma il livello di urbanizzazione della zona di Segrate è tale da rendere del tutto inutili i cambiamenti. Successivamente è stata provata anche una "spalmatura" di rotte sulle varie frazioni di Segrate prossime a Linate e altri comuni vicini. Ma i livelli di inquinamento acustico non sono diminuiti.
