Il nome ''Napa'' deriva probabilmente dal nome di un [[villaggio]] chiamato "Nappan", la cui popolazione aveva popolato la zona con [[alce|alci]], [[cervo|cervi]], [[grizzly]] e [[panterapanthera|pantere]] per molti secoli. Al momento della prima esplorazione della Napa Valley del 1823, la maggior parte degli abitanti della zona consisteva in nativi indiani d'America. Padre José Altimira, fondatore della [[Mission San Francisco Solano]] di [[Sonoma]], fu il capo della spedizione. Al controllo dei [[spagnoli]] e dei [[messicani]], rimase fino alla [[rivolta]] di [[Bear Flag]], e gli agricoltori americani cominciarono ad arrivare nel 1830. Quando nel 1849 la [[California]] divenne uno [[stato]], la Napa Vallet apparteneva al Territorio di California, nel distretto di Sonoma. Nel 1850, quando le contee divennero stati organizzati, quella di Napa divenne una delle prime contee di California. Nel 1851, venne eretto il primo tribunale. Dal 1870 i dati demografici dei nativi americani cambiarono radicalmente, probabilmente a causa della convinzione degli americani durante il [[Manifest Destiny]].
La città di Napa è stata fondata nel 1847 da [[Nathan Coombs]]. Il primo stabilimento d'affari in città era un [[saloon]] costruito da Pierce Harrison, un ex mugnaio della [[Bale Grist Mill]]. Dal 1850 la Dholpine divenne la prima nave a vapore che navigò sul fiume Napa.