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=== Mega Man ===
* '''Mega Man AP''' è la trasformazione principale del protagonista dopo la sua fusione con il Biometallo Modello A. In questa forma egli dispone di un cannone leggero per attacchi a lungo raggio ed è l'unica trasformazione dotata di una mossa finale, la Giga Distruzione, con cui consuma tutta la propria energia per mitragliare tutti i nemici visibili.
* '''Prometheus''' e '''Pandora''' sono i due malvagi Mega Man apparsi già nel gioco precedente. Si scoprirà che sono due prototipi creati da Albert ed hanno una vita molto breve, che possono allungare solo tramite regolari operazioni nel laboratorio dove era custodito Grey. Lavoreranno per Albert per molto tempo, tradendolo poco prima della fine della storia, cercando invano di ucciderlo; combatteranno il protagonista, e per far questo non potranno tornare al laboratorio, motivo per cui moriranno dopo lo scontro. Prometheus combatte con la sua falce e con colpi di fuoco, mentre Pandora usa la sua bacchetta per lanciare incantesimi di ghiaccio e tuono.
* '''Atlas''' è una Mega Man dotata del potere del '''Biometallo Modello pF''', il metallo del fuoco. Era in passato una cacciatrice di Maverick, ma ha poi deciso di combattere per accelerare il suo processo evolutivo. Pùò sparare sfere infuocate, creare onde di fiamme e modificare la traiettoria dei suoi cannoni gemelli. Sconfitta, il protagonista otterrà i suoi poteri.
* '''Aelous''' (il suo nome originale è '''Helios''') è il Mega Man del vento, provvisto del '''Biometallo Modello oH'''. Considera tutti gli uomini dei patetici sciocchi responsabili di tutto il disagio esistente nel mondo. Combatte proprio per liberarsi di tutti quelli che considera esseri inferiori; è in grado di volare, planare, attaccare i nemici con le sue lame gemelle o generare tornadi elettrici. Sconfitto, il protagonista otterrà i suoi poteri e l'abilita di analizzare i nemici, trovandone il punto debole e rivelando la loro quantità di energia.
* '''Thetis''' è il Mega Man che possiede i poteri acquatici del '''Biometallo Modello HL'''. Sembra una gran brava persona, ma è un grande ambientalista e considera gli uomini responsabili dell'inquinamento dei mari. Vuole perciò vendicarsi spazzando via l'umanità. Le sue abilità consistono nel roteare una grande alabarda e nel generare draghi di ghiaccio che inseguono il bersaglio e lo congelano. Sconfitto, il protagonista otterrà i suoi poteri e la capacità di individuare i tesori con un radar.
* '''Siarnaq''' è il Mega Man che possiede il '''Biometallo Modello FA''', e con esso i poteri dell'ombra. Ha probabilmente rischiato la vita in passato, salvandosi solo grazie alla fusione con il Biometallo: infatti è molto freddo e parla in un linguaggio quasi robotico, dimostrandosi incapace di pensare e provare sentimenti. Può lanciare una raffica di kunai contro i suoi nemici, tirare shuriken rotanti e smaterializzarsi rapidamente. Sconfitto, il protagonista otterrà i suoi poteri, l'abilità di aggrapparsi ai muri e quella di visualizzare una mappa sullo schermo inferiore.
* '''Mega Man ZX''' è la fusione combinata di Vent/Aile con i Biometalli Z e X. Può sparare con un cannone o eseguire numerose mosse con la spada. Dopo uno scontro con il protagonista diverrà suo alleato e gli donerà i suoi poteri.
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