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Nel [[1998]], Magueijo lavora in coppia con [[Andreas Albrecht]], sviluppando la teoria della [[velocità variabile della luce]] (VSL), teoria della [[cosmologia]] che propone che la velocità della luce era molto più alta nell'universo primordiale, di 60 ordini di grandezza più veloce rispetto al suo valore attuale. Questo spiegherebbe il [[problema dell'orizzonte]] (dal momento che le regioni distanti dell'universo in espansione avrebbe avuto il tempo di interagire e di omogeneizzare le loro proprietà) ed è stato presentato come alternativa alla più tradizionale teoria di [[inflazione cosmica]].
Magueijo parla della sua lotta personale nell'affermazione della VSL nel suo libro del [[2003]], ''Più veloce della luce''. È anche l'ospite della serie di Canale Scienza, João Magueijo's Big Bang, che ha debuttato il 13 maggio 2008<ref
Nel [[2009]] pubblica il libro ''A Brilliant Darkness'', un racconto della vita e la scienza dello scienziato italiano [[Ettore Majorana]].
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