Nel [[1941]] trasforma la Commissione delle Opere Pie, nata nel [[1887]], nell'[[Istituto per le Opere di Religione]] ([[IOR]]).
Una delle accuse più gravi che si rivolgono a Pio XII è di non aver mai condannato né di essersi impegnato per fermare le deportazioni degli [[ebrei]] nei [[campi di concentramento]], deportazione della quale era a conoscenza; tale critica è stata sostenuta doposolo a distanza di molti anni dagli eventi e, in particolar modo, da esponenti anticattolici e [[anticlericalismo|anticlericali]]. Secondo stime indipendenti, e documentate da numerose testimonianze, la [[Chiesa cattolica]] durante il pontificato di Pio XII è statafu molto attiva nel contrastare il genocidio ebraico, pagando anche con la vita di molti religiosi: una stima imprecisa valuta che circa seicentomila ebrei siano stati salvati dall'Olocausto, un numero superiore a quello ottenuto da tutte le altre organizzazioni umanitarie e chiese cristiane messe insieme; questo grazie all'opera nascosta di sacerdoti, frati, suore, laici, i quali operarono con la benedizione segreta di papa Pio XII.<ref>Terenzio Bosco "Terra pianeta che sanguina" Ed. SEI</ref><ref>[http://www.repubblica.it/esteri/2010/01/15/news/pio_xii_documento-1953994/ Pio XII e quei rapporti segreti delle Ss "Il Vaticano aiuta gli ebrei a scappare" - Repubblica.it<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref><ref>Luigi Villa cita gli interventi del Papa in [[Ungheria]], [[Romania]] e [[Bulgaria]] e in Italia attraverso l'[[arcidiocesi di Genova|arcivescovo di Genova]] cardinal [[Pietro Boetto|Boetto]]. Luigi Villa, ''Pio XII'', Brescia 1964, pp. 136-138</ref>Si ricordi che i futuri papi [[Giovanni XXIII|Roncalli]], [[Giovanni Paolo I|Luciani]] e [[Giovanni Paolo II|Wojtyła]] salvarono e nascosero ai tedeschi gruppi e famiglie ebree. Il Papa stesso offrì rifugio a numerosi [[ebreo|ebrei]] nei palazzi del [[Vaticano]] e nelle chiese romane.<ref name="ReferenceA">La Grande Storia; puntata del [[29 dicembre]] [[2006]] "Il Principe di Dio"</ref>
Nel [[1963]], in seguito alla rappresentazione della piece teatrale "[[Il Vicario]]", è iniziata una polemica nei confronti di Pio XII, accusato di non essersi adeguatamente adoperato nella difesa degli ebrei durante la seconda guerra mondiale, fino al punto di essere definito "Il papa di [[Hitler]]". Invece, lo studioso ebraico [[Pinchas Lapide]] ha ricordato delle stime per cui tra il 70 e il 90% dei 950000 ebrei europei sopravvissuti all'[[olocausto]], lo devono ad iniziative cattoliche, incoraggiate e sostenute dallo stesso Pio XII.
