Già nel [[1989]] [[Angelo Guglielmi]] gli propone di collaborare come autore e regista con [[Rai Tre3]], chiedendogli fondere le due esperienze, giornalistica e cinematografica, per sperimentare un nuovo tipo di linguaggio televisivo creando film/cronaca girati in diretta. È così che nascono le dodici puntate de ''I Racconti del 113'' (1989/90) che rappresentano la Rai alla Mostra della Tv di Bruxelles e ''La guerra dell'acqua rossa'' (1991), con cui partecipa al Film Festival di [[Helsinki]] e vince Il Premio Filmselezione a [[Venezia]] (presidente della giuria è [[Giuliano Montaldo]]). Nel [[1995]] torna a collaborare con Rai Tre, realizzando in Russia le cinque puntate del docufilm Pianeta Est che gli vale il Premio internazionale della Giuria al Festival delle Tv di Montecarlo. Del [[1996]] sono le otto puntate di Interset, con cui Squizzato indaga il mondo virtuale di Internet introducendo in Italia la formula della docuficion, che applica successivamente (1997) alle cinque parti della serie La frontiera nascosta (un viaggio ai confini della vita e della morte) e alle cinque di ''Così vicino così lontano'' (1998). Dal [[1999]] lavora a una trilogia milanese, con la quale lancia la categoria filmica e il modello produttivo del real-movie, prima con le quattro puntate de ''I Racconti di Quarto Oggiar''o, che gli valgono il Premio Internazionale Flaiano per la fiction. Nel [[2000]] crea le quattro parti di Atlantis e nel [[2002]] la miniserie ''La Città Infinita'', in quattro puntate, che chiude la trilogia. Con questi lavori viene invitato al Prix Futura [[Berlino]], alla Mostra del cinema per la Tv di Venezia e a Cinema Tout Ecran di [[Ginevra]]
Da una coproduzione Rai-Televisione svizzera nasce nel [[2003]] ''Il Tunnel'', fiction in tre puntate sulla tragedia del rogo del Gottardo. Nel 2004 Squizzato scrive e gira per Rai Tre L'Uomo dell'argine, un film di quattro ore sulla vita di [[don Primo Mazzolari]], che fonde fiction e immagini di archivio storico in un'inedita forma di “history-fiction”. Nel [[2005]] realizza ''Suor Jo'', un giallo “dal vero” per Rai Tre, scritto con [[Giuseppe Genna]], che entra nella terna finalista del Premio Saint Vincent per la Fiction.
