Microarray di DNA: differenze tra le versioni

Versione delle 13:32, 17 giu 2006

Versione delle 13:33, 17 giu 2006

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Un altro problema è presentato dai fluorofori, che nonostante siano molto simili fra loro presentano delle differenze problematiche. Esista una diversa efficienza di fluorescenza tra Cy3 e Cy5 che deve essere standardizzata dai software di rilevazione, inoltre poiché Cy3 è più piccolo di Cy5, c'è un diverso livello di incorporazione del due fluorofori, in quanto la polimerasi presenta più difficoltà a inserire il nucleotide marcato con Cy5 a causa dell'ingombro sterico; come se non bastasse Cy5 si presenta più labile di Cy3, quindi una prima scansione di Cy3 con il laser potrebbe ridurre la fluorescenza di Cy5.

Per ovviare a tutte questa problematiche e per creare un minimo di standardizzazione si effettua il Die swap: consiste nel effettuare un secondo microarray scambiando l'uso dei fluorofori. Se nel primo microarray Cy3 è stato usato per marcare il cDna sperimentale, nel secondo microarray si userà Cy3 per marcare il cDna del soggetto di controllo, e viceversa per Cy5.

'''Protein Microarray'''