Open reading frame: differenze tra le versioni

Versione delle 14:43, 8 mar 2010

Versione delle 04:28, 8 ott 2010

Riga 1:

'''Open Reading Frame''' (sigla '''ORF'''), in italiano '''fasi di lettura aperte''' o '''DNA/RNA codificante''' (o '''Coding DNA Sequence''' [sigla '''CDS'''] se riferita specificamente al DNA) indica la parte (o sequenza) di [[DNA]] o [[RNA]] che codifica una [[proteina]].

In un [[gene]] le ORF si trovano comprese fra la sequenza di inizio ([[codone]] d'inizio) e la sequenza di stop (codone di terminazione).

Riga 7:

È risaputo che, l'esistenza di una ORF, particolarmente se lunga, è una buona indicazione della presenza di un gene nella sequenza posta nelle immediate vicinanze. In tal caso, la ORF stessa fa parte della sequenza che verrà tradotta dai [[ribosoma|ribosomi]], comprendendo in tutta la sua lunghezza anche le parti che verranno eliminate prima della [[sintesi proteica]], vale a dire gli [[introne|introni]].

== La ricerca delle ORF nei procarioti e negli eucarioti ==

Una volta stabilita la sequenza del gene è importante determinare la ORF corretta. Per gli organismi con DNA a doppia elica, la sequenza può essere stabilita in sei modalità di lettura, tre in un verso e tre nel verso opposto. Negli organismi [[procarioti]], la sequenza più lunga che risulta priva di un codone di terminazione costituisce di fatto una ORF.

Più problematico è il caso degli organismi [[eucarioti]] in quanto la maggior parte del DNA contenuto in una ORF (quella costituita dagli introni appunto), non viene tradotta; questa è la ragione per cui, in questo caso, una ORF può essere trovata soltanto andando ad analizzare l' [[mRNA]] una volta sottoposto al processo di [[splicing]].

== Rapporto con la sequenza di Kozak ==

Nel DNA, la CDS si trova all'interno degli [[esone|esoni]] ed inizia con una sequenza abbastanza ricorrente detta [[sequenza di Kozak]], composta dalla sequenza ATG la quale si può presentare in 3 varianti:

# La prima presenta in posizione -4 rispetto alla CDS, intendendo con (-) i [[nucleotide|nucleotidi]] presenti nella sequenza, una [[adenosina]] o una [[guanina]] (es. '''A'''TCG'''ATG''')

Riga 22:

La sequenza CDS termina in determinate sequenze, dette di Stop, che corrispondono generalmente alla tripletta TGA.

== Collegamenti esterni ==

* {{en}} [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/ Programma per la ricerca di ORF]

* {{en}} [http://web.mit.edu/star/orf/ StarORF facilita l'identificazione della proteina (s) codificato all'interno di una sequenza di DNA]

* {{en}} [http://bioweb.uwlax.edu./GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Translation/translation.html Translation and Open Reading Frames]

[[Categoria:DNA]]

Riga 35:

[[es:Marco abierto de lectura]]

[[fr:Phase ouverte de lecture]]

[[he:מסגרת קריאה (ביולוגיה)#מסגרת קריאה פתוחה.D7.9E.D7.A1.D7.92.D7.A8.D7.AA_.D7.A7.D7.A8.D7.99.D7.90.D7.94_.D7.A4.D7.AA.D7.95.D7.97.D7.94]]

[[ja:オープンリーディングフレーム]]

[[pl:Otwarta ramka odczytu]]

[[pt:OpenFase readingaberta framede leitura]]

[[ru:Открытая рамка считывания]]

[[uk:Відкрита рамка зчитування]]