La trama del videogioco è raccontata nel corso dei titoli precedenti, dato che ''Alpha 3'' si concentra principalmente sugli eventi delle seguenti serie: ''[[Gundam SEEDSeed]]'', ''[[Dancougar]]'', ''[[Macross 7]]'', ''[[Jeeg robot d'acciaio]]'', ''[[End of Evangelion]]'', ''[[Gunbuster]]'', ''[[GaoGaiGar]]'', ''[[Combattler V]]'', ''[[Vultus V]]'', ''[[GenerakGeneral Daimos]]'' e ''[[Ideon]]''. Tuttavia c'è una trama generale che viene raccontata sullo sfondo delle varie serie. Il gioco inizia alla fine della "guerra dei sigilli" (vista in''[[2nd Super Robot Wars Alpha]]'') con l'equipaggio della Ral Kalium giunta su di una struttura a forma di anello in un campo di asteroidi. Questo Crossgate (questo è il suo nome) permette all'Excelion (che è esploso alla fine del primo titolo della serie Alpha) ed alla sua truppa di riapparire nonostante l'"assenza" di due anni. Il videogioco a questo punto fa un riassunto degli eventi dei precedenti videogiochi ed, a seconda del personaggio che il giocatore ha scelto all'inizio del gioco, inizia il gioco vero e proprio. Man mano che la storia va avanti gli eroi del videogioco si troveranno a combattere contro ''Akashic Record'' per fermare la distruzione della galassia.
