Mentre una nuova generazione di mutanti fioriva in tutto il globo, nella giungla dell'Ecuador una delle tante [[Intelligenza artificiale|I.A.]] [[Master Mold]] continuava la sua produzione di [[Sentinelle (fumetto)|Sentinelle]] adattandole alla tecnologia disponibile in quell'ambiente fino a quando una misteriosa donna chiamata [[Cassandra Nova]], duplicando il [[DNA]] di uno degli ultimi discendenti di [[Bolivar Trask]], ne prense il comando inviandole sull'isola-stato di Genosha con lo scopo di massacrarne la popolazione. La presenza della donna non passò però inosservata a Cerebra utilizzata in quel momento da [[Charles Xavier|Xavier]], che decise d'inviare sul posto [[Ciclope (fumetto)|Ciclope]] e [[Wolverine]]: i due riescirono a catturare Nova, ma giunsero troppo tardi per fermare il lancio delle Sentinelle che in pochi minuti giunsero a Genosha e ne sterminano interamente la popolazione mutante. Durante le operazioni di soccorso posteriori alla tragedia [[Jean Grey]] e [[Bestia (fumetto)|Bestia]] soccorsero [[Emma Frost]], ex criminale ed direttrice di [[Generation X (fumetto)|Generation X]], sopravvissuta ala massacro grazie al manifestarsi di una mutazione secondaria che le consentì di trasformare il proprio corpo in diamante. Tornati allo Xavier Institute mentre Bestia rivelava agli altri che il genere umano si sarebbe estinto in poche generazioni lasciando la Terra in mano ai mutanti, Cassandra Nova sfuggì alla prigionia e raggiunse Cerebra con la quale tentò di "spegnere" ogni mente mutante (in realtà il suo obiettivo era quello di impadronirsi del corpo di Xavier) prima che Emma la uccidesse rompendole il collo. Tuttavia, la donna arrivò troppo tardi in quanto Cassandra aveva già scambiato il proprio corpo con quello di Xavier e vice versa, e aveva sparato al suo vecchio corpo (ora contenente la psiche di Xavier) in modo da impedire all'uomo di rivelare cos'era appena successo.
Con il passare dei giorni, Jean e Scott tentarono di venire a patti con i problemi coniugali sorti fra loro dopo l'esperienza traumatica del secondo mentre era posseduto da [[Apocalisse (fumetto)|Apocalisse]], quando videro Xavier dichiarare in diretta TV di essere un mutante, svelando anche la verità dietro lo Xavier Institute.
== Innovazioni ==
Con l'arrivo di Grant Morrison sul titolo, importanti cambiamenti accorsero nel franchise: l'abbandono dei tradizionali e colorati costumi di spandex in favore di unifromi di [[lattice|latex]] e pelle nera e il cambiamento fisico e psicologico di personaggi come Bestia e Wolverine; il primo assumendo una fisicità marcatamente felina in conseguenza delle manipolazioni operate su di lui da [[Sage (fumetto)|Sage]], il secondo lasciandosi alle spalle gli eccessi animaleschi della sua natura e "civilizzandosi" quel tanto che bastava da poter insegnare in una scuola piena di adolescenti mutanti.
Contemporaneamente, Morrison avviò uno sconvolgimento dello ''status quo'' romantico all'interno del gruppo, utilizzando gli eventi che fecero fondere Ciclope ed Apocalisse per allontanare il primo sempre più dalla sua storica compagna, Jean Grey impegnata nel chiarimento dei suoi rapporti affettivi con Wolverine, e mostrandone un lato nascosto più "oscuro" grazie all'operato di Emma Frost, suo nuovo interesse romantico.
