Anche la navetta spaziale [[Space Shuttle]] è provvista di APU eche rappresentano uno dei componenti più critici. Data la loro importanza, a bordo ne sono presenti tre [[Ridondanza (ingegneria)|ridondanti]] per aumentare la sicurezza (una sarebbe sufficiente). A differenza degli aerei, le APU installate sullo Shuttle, provvedono a fornire esclusivamente pressione idraulica e non energia elettrica. Sono utilizzate soltanto durante il lancio e durante la fase di rientro e atterraggio. Esse sono alimentate ad [[idrazina]], lo stesso [[propellente ipergolico]] utilizzato nei sistemi [[Reaction control system|RCS]] della navetta.
Durante la missione [[STS-9]], due delle tre APU dello [[Space Shuttle Columbia]] presero fuoco, ma nonostante ciò la navetta atterrò alla base aerea di [[Edwards AFB|Edward]].
