Dall'[[1 agosto]] [[1490]] riprebde in San Marco le lezioni - ma tutti gli ascoltatori le interpretano come vere e proprie predicazioni - sul tema dell'[[Apocalisse]] e poi anche sulla [[Prima Letteralettera di San Giovanni]]: formula la necessità immediata del rinnovamento e della ''flagellazione'' della Chiesa e non teme di accusare governanti e prelati - "niente di buono è nella Chiesa....dalla pianta del piede fino alla sommità non è sanità in quella" - ma anche filosofi e letterati, viventi ed antichi: ebbe subito il favore dei semplici, dei poveri, degli scontenti e degli oppositori de' Medici, tanto da essere chiamato dai suoi contraddittori ''il predicatore dei disperati''; il [[16 febbraio]] [[1491]] predica per la prima volta sul pulpito del Duomo di [[Santa Maria del Fiore]].
