AMBER: differenze tra le versioni

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== Il campo di forze ==

Con l'espressione "[[campo di forze]] AMBER" normalmente ci si riferisce alalla moduloforma funzionale usatousata dai campi di forze AMBER. Questo moduloQuesta è compostol'insieme dadi diversi parametri a cui ogni versione di AMBER assegna un determinato valore.

=== IlLa moduloforma funzionale ===

L'obiettivo del campo di forze è di modellizzare in modo accurato le energie conformazionali di un sistema molecolare e le conseguenti interazioni intermolecolari.

IlLa moduloforma funzionale rappresenta quindi l'energia potenziale del sistema:<ref name="Cornell1995">{{cite journal |author=Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA |title=A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules |journal=J. Am. Chem. Soc. |volume=117 |page=5179–5197 |year=1995}}</ref>

:<math>

V(r^N)=\sum_\mbox{legami} \frac{1}{2} k_b (l-l_0)^2 + \sum_\mbox{angoli} \frac{1}{2} k_a (\theta - \theta_0)^2</math>