AMBER: differenze tra le versioni

Versione delle 19:03, 21 mar 2011

Versione delle 22:04, 21 mar 2011

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== Software ==

Il pacchetto AMBER fornisce un insieme di programmi con cui applicare il campo di forze alla simulazione di biomolecole. èÈ scritto in [[Fortran]] 90 e [[C (linguaggio)|C]]. Lo sviluppo è condotto da un'ampia associazione di laboratori per la maggior parte accademici. Nuove versioni sono rilasciate in genere nella primavera di anni pari; AMBER 10 è stato distribuito nell'aprile 2008. Si può ottenere il software con una licenza del costo di 20.000$ o di 400$ se per scopi non commerciali.

=== Programmi ===

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* '''Antechamber''' si occupa di assegnare valori ai parametri di piccole molecole usando GAFF

* '''SANDER''' (Simulated Annealing with NMR-Derived Energy Restraints) è il programma centrale di simulazione e fornisce algoritmi di minimizzazione dell'energia e di dinamica molecolare

* '''pmemd''' è una re-implementazione limitata di SANDER fatta da Bob Duke. èÈ molto più performante se utilizzato in parallelo da più di 8-16 processori

* '''ptraj''' svolge analisi numeriche dei risultati della simulazione. AMBER non permette la visualizzazione dei composti che viene invece effettuata con VMD o Sirius.

* '''MM-PBSA''' consente calcoli con solvente implicito a partire da una struttura di una dinamica molecolare