La storia di Assassin's Creed inizia nel settembre del [[10122012]], quando un barista di nome [[Desmond Miles]] (il personaggio controllato dal giocatore), è stato rapito da persone sconosciute molto prima dell'inizio del gioco e tenuto nelle Industrie Abstergo dove i ricercatori lavorano al progetto Animus. L'Animus è un macchinario in grado di visionare le memorie dell'antenato di chi lo usa, Desmond è stato "scelto" per il progetto per via della relazione con il suo antenato [[Altaïr]], un membro della [[setta degli Assassini]] vissuto durante la [[Terza Crociata]] in Terra Santa; i dirigenti dell'Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui è venuto a che fare Altaïr e vorrebbero saperne di più. Ma la mente di Desmond inizialmente rigetta le memorie di Altaïr (الطائر in arabo), dovendo quindi iniziare da un ricordo diverso e gradualmente procedendo sul ricordo interessato.
I due ricercatori che supervisioneranno il lavoro di Desmond sono il dottor [[Personaggi di Assassin's Creed#Warren Vidic|Warren Vidic]] e la sua assistente [[Lucy Stillman]].
