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Il gioco si presenta come una serie di [[flashback]] di 47 che, ferito da un colpo di pistola di un poliziotto mentre svolgeva un lavoro (l'omicidio di [[Personaggi di Hitman: Blood Money#Richard Delahunt|Richard Delahunt]] e Philippe Berceuse, poi rinominato Alvaro D'Alvade in [[Hitman: Blood Money]], gioco nel quale si dovrà proprio svolgere tale missione), attende di essere curato da un dottore e intanto ripensa alle sue avventure precedenti.
Le missioni sono ambientate (in ordine) in [[Romania]], [[Siberia]], [[Regno Unito]], [[Rotterdam]], [[Budapest]], [[Hong Kong]] e [[Parigi]] e coprono un arco di circa 4 anni, dal [[2000]] al [[2004]].
Le missioni coprono un arco di circa 4 anni, dal [[2000]] al [[2004]]. Alcune sono remake delle missioni del primo capitolo, altri sono inedite.
{| class="wikitable"
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!Nome missione
!Luogo
!Note
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|Resa dei conti al manicomio
|Manicomio di Ort-Meyer in [[Romania]]
|Si svolge dopo l'ultima missione di [[Hitman:_Codename_47|Hitman: Codename 47]]
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|Il party del re della carne
|[[Romania]]
|Missione inedita. Si presume che si è svolta dopo le vicende del [[Hitman_2:_Silent_Assassin|secondo gioco della serie]].
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|La bomba di Bjarkhov
|[[Kamčatka]] in Russia
|Missione inedita. Qua bisogna uccidere uno dei tre fratelli terroristi Fuchs.
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|La famiglia Beldingford
|[[Inghilterra]]
|Missione inedita.
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|Appuntamento a Rotterdam
|[[Rotterdam]], Olanda.
|Missione inedita
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|Un carico mortale
|[[Rotterdam]], Olanda.
|Remake delle due missioni del primo capitolo della saga "Il paradiso del trafficante d'armi" e "Plutonio disperso".
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|Le tradizione del commercio
|[[Budapest]]
|Remake della omonima missione del primo gioco. Gli obiettivi sono i due fratelli Fuchs rimasti in vita.
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|La morte del drago
|[[Hong_Kong_(isola)|Hong Kong]]
|Remake della missione "Le triadi di Kowloon in guerra" del primo capitolo.
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|Incidente al Wang Fou
|[[Hong_Kong_(isola)|Hong Kong]]
|Remake della omonima missione (nome alterato) di Codename 47.
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|Delitto al ristorante cinese
|[[Hong_Kong_(isola)|Hong Kong]]
|Anche questo è il remake della missione del primo gioco, nome modificato.
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|L'assasinio di Lee Hong
|[[Hong_Kong_(isola)|Hong Kong]]
|Remake dell'ultima missione a Hong Kong.
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|Cacciatore e preda
|[[Parigi]]
|Missione inedita. È il continuo della missione "Giù il sipario" di [[Hitman:_Blood_Money|Hitman Blood Money]].
|}
== Giocabilità ==
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