La chiesa, edificata tra il 1706 ed il 1710 e facente parte del complesso architettonico denominato "Casino" a sua volta appartenuto ad una famiglia nobile originaria del paese (i [[Bizzozero#Storia|Bizzozero]]) enobile ed originaria del paese sitosorto sul versante opposto della valle Olona, fu inizialmente dedicata alla Natività della Beata Vergine ed ospitò, dal 1723, una "[[Cappella#Cappellania|cappellanìa]] con beneficio di [[Oratorio (architettura)|oratorio]]". Assunse l'attuale consacrazione a Sant'Anna soltanto dopo il 1876
