L'esecuzione dell'esame può risultare imbarazzante. Se preceduto da una adeguata preparazione della zona con applicazione di una pomata [[Anestetico locale|anestetica]] locale (es. [[lidocaina]] cloridrato 1%) il paziente può provare fastidio, ma quasi mai dolore.
Si deve chiedere al paziente di assumere la classica posizione di Sims: posizione laterale sinistra con le gambe flesse sull'addome. (atteggiamentoIn alternativa si può ricorrere alla posizione genupettorale). Questala posizione di Sims risulta decisamente più funzionale per il paziente, che mantiene un certo comfort durante l'esame, e per il medico che riesce a fare tutte le valutazioni di cui necessita. É utile che i glutei del paziente fuoriescano dal bordo esterno del lettino. L'introduzione dello strumento, per alcuni centimetri, deve essere gentile, lenta e graduale, conformemente all'asse del canale anale (diretto in direzione dell'[[ombelico]]) e del [[retto]] (rivolto invece verso l'[[osso sacro]]). Per minimizzare il fastidio legato alla introduzione dello strumento si deve chiedere al paziente di eseguire una spinta (simile allo sforzo della defecazione) durante la penetrazione.<ref>Gordon P, Nivatvongs S: Principles and Practice of Surgery for the Colon, Rectum, and Anus. 3rd ed. Portland, Me, Informa Health, 2007.</ref>
