Quando morì il nonno Alessandro VI, il piccolo Rodrigo fu mandato per sicurezza a [[Castel Sant'Angelo]] insieme ai cugini, i figli illegittimi di Cesare Borgia. TuttaInfatti tutta la famiglia [[Borgia]], tutti i loro titoli e possedimenti,infattia Roma e nello Stato Pontificio, poggiavano sul sostegno e sulla protezione assicurati dal papa. Morto questiquest'ultimo, i nemici eed il futuro Papa avrebbero tolto tutto ai precedenti "inquilini" del Vaticano.
Francesco Borgia consigliò perciò a Lucrezia di autorizzare il figlio a partire per la Spagna, perché stesserimanesse più al sicuro. Lucrezia decise invece che il bambino fosse allevato a [[Napoli]], daipresso i parenti didel padre defunto, Alfonso d'Aragona. Rodrigo venne quindi allevato dapprima dalla zia Sancia d'Aragona, poi, quando questa morì nel 1506, dalla sorellastra del padre [[Isabella d'Aragona Sforza]], duchessa di Bari. Il bambino poté, inoltre, conservare i propri possedimenti napoletani, che gli competevano in quanto successore del padre e divenne quindi duca di Bisceglie.
Nel 1506 Lucrezia progettò con Isabella di rivedere il figlio al [[santuario di Loreto]], ma l'incontro non avvenne mai.
