La terapia delle coliti microscopiche richiede l'associazione di agenti anti diarroici quali preparati a base di [[caolino]] o [[loperamide]] con farmaci anti-infiammatori quali la [[mesalazina]] o la [[budesonide]]<ref name=fernandez>{{citeCita journalpubblicazione | authorautore = Fernández-Bañares F, Salas A, Esteve M, Espinós J, Forné M, Viver J | titletitolo = Collagenous and lymphocytic colitis. evaluation of clinical and histological features, response to treatment, and long-term follow-up. | journalrivista = Am J Gastroenterol | volume = 98 | issuenumero = 2 | pagespagine = 340–7 | yearanno = 2003 | pmid id=PMID 12591052 | doi = 10.1111/j.1572-0241.2003.07225.x}}</ref>
==Prognosi==
Le coliti microscopiche sono malattie benigne<ref name=mullhaupt>{{citeCita journalpubblicazione | authorautore = Mullhaupt B, Güller U, Anabitarte M, Güller R, Fried M | titletitolo = Lymphocytic colitis: clinical presentation and long term course | journalrivista = Gut | volume = 43 | issuenumero = 5 | pagespagine = 629–33 | yearanno = 1998 | pmid id=PMID 9824342 | doi = 10.1136/gut.43.5.629 | pmc = 1727313}}</ref> e con gli opportuni accorgimenti terapeutici la maggior parte dei pazienti va incontro alla completa risoluzione sintomatologica con normalizzazione del quadro istopatologico.<ref name=fernandez/>
