Scopo di ''Mr. Do!'' è quello di totalizzare il maggiore punteggio possibile, scavando tunnel nel terreno e collezionando ciliegeciliegie. Il protagonista titolare, un [[clown]] circense, è costantemente inseguito da creature ostili; queste possono essere sconfitte in due modi: colpendole con una "sfera energetica" lanciata dalle mani di Mr. Do! oppure schiacciandole con delle mele, liberate scavando un tunnel sotto di esse. La sfera, se viene lanciata senza colpire nessun nemico, deve essere raccolta manualmente; in caso contrario ritorna automaticamente nelle mani del protagonista. Un livello è completato quando tutte le ciliegeciliegie sono state raccolte, oppure quando tutti i mostri sono stati sconfitti.
