Maria Anna Giuseppina era una sorellastra dell'Imperatore [[Leopoldo I del Sacro Romano Impero|Leopoldo I]], che era sposato dal 1676 ad [[Eleonora del Palatinato-Neuburg|Eleonora Maddalena del Palatinato-Neuburg]]. Tale matrimonio aveva reso ancor più stringente il desiderio di aumentare le connessioni dinastiche tra la Casa del Palatinato-Neuburg e la famiglia imperiale. Per questo, l'Arciduchessa sposò il [[25 Ottobreottobre]] [[1678]] a [[Wiener Neustadt]], il [[principe elettore]] [[Giovanni Guglielmo del Palatinato|Giovanni Guglielmo del Palatinato-Neuburg]]; (1658-1716), fratello dell'imperatrice Eleonora. A causa del matrimonio con la figlia dell'Imperatore, Giovanni Guglielmo ottenne nel 1679 il titolo di Duca di Jülich e Berg, per parificarlo ad un sovrano regnante. Il matrimonio fu celebrato dall' Arcivescovo [[Leopold Karl von Kollonitsch]], e per commmemorare l'avvenimento, la cognata Eleonora fece erigere una colonna mariana sulla piazza principale di Wiener Neustadt. Dopo il matrimonio con la arciduchessa Giovanni Gugllielmo iniziò a tenere a Dusseldorf una corte costosa. Da queste nozze nacquero, nel [[1683]] e [[1686]], due figli maschi, rimasti senza nome, che vissero entrambi un solo giorno. Maria Anna morì all'età di 34 anni, durante una visita alla corte imperiale di Vienna, vittima della [[tubercolosi]] e fu sepolto nella [[Cripta dei Cappuccini]] di Vienna.
