Expressed sequence tag: differenze tra le versioni

Versione delle 17:22, 16 apr 2012

Versione delle 02:48, 11 lug 2012

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Le '''Expressed Sequence Tags''' (ESTs) sono dei brevi frammenti di [[DNA]] [[trascrizione (biologia)|trascritti]] e sequenziati da una [[sequenza (biologia)|sequenza]] di [[cDNA]] (ottenuto dalla retrotrascrizione dell'[[mRNA]] che ha già subito il processo di [[splicing]]) più lunga. In sostanza, rappresentano parti di [[gene|geni]] espressi e possono essere utilizzate ad esempio come [[probe|sonde]] per identificare quali proteine vengono espresse in una [[cellula]], come nei [[microarray]] oppure possono essere usate nella scoperta di nuovi geni o nella determinazione della loro sequenza e della loro posizione nel [[genoma]].<br />Il termine EST fu introdotto nel [[1991]] da [[Craig Venter]].

Le EST non corrispondono necessariamente a frammenti di [[mRNA]], ma possono appartenere anche ad altri RNA non codificanti per alcuna proteina ([[ncRNA]]), come i [[miRNA]], sebbene presenti in quantità molto basse. Le EST sono sequenze brevi (in genere tra le 300 [[base pair|bp]] e le 500 bp) e piuttosto inaccurate (circa un 2% di errore); ciò è dovuto al fatto che la reazione di [[sequenziamento]] viene di solito effettuata automaticamente in una sola direzione o comunque non-overlapping. Le EST sono dunque in genere più corte dei trascritti completi, perché sequenziare un intero mRNA è più costoso: questo però può produrre risultati errati nel caso vi siano forme di splicing alternativo non conosciute.

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Le identificazioni di nuove EST procede rapidamente, ed ora le EST pubbliche disponibili ammontano a quasi 55 milioni ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbEST_summary.html GenBank], luglio 2008), di cui oltre 8 milioni derivano da sequenze umane: tuttavia, alcune rappresentano sequenze ridondanti o mappano sullo stesso mRNA, sebbene in punti diversi, il che può spiegare l'enorme abbondanza di EST in rapporto al numero di geni. Infatti, in base alle conoscenze attuali (2008) del genoma umano, non vi è alcuna verifica sperimentale dell'esistenza di un numero così alto di geni codificanti.

== Collegamenti ==

{{en}} [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.section.858 The NCBI Handbook] sezione sulla descrizione delle EST

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[[es:Marcador de secuencia expresada]]

[[fr:Marqueur de séquence exprimée]]

[[gl:Marcador de secuencia expresada]]

[[nl:Expressed sequence tag]]

[[pt:Marcador de sequência expressa]]