La storia degli si svolge nell'anno 2017 a.t.b., a cavallo fra la prima e la seconda serie, quando il Giappone comincia ad accusare colpi a causa della sparizione e presunta morte di Zero, alter ego di Lelouch a capo dei Cavalieri Neri. La trama prende piede nella superpotenza Euro Universe, alleata del Giappone ela quale,soverchiata dall'aggressiva campagna militare del Sacro Impero di Britannia, che forma una speciale divisione conosciuta come “W-O″, nella quale milita il giovane e promettente pilota Akito Hyūga (日向アキト, Hyuuga Akito). Leila Malkal (レイラ・マルカル, Reira Marukaru), ex aristocratica britanna votatasi alla causa dell'E.U., capeggia il gruppo di ribelli “Wyvern” composto da giovani giapponesi. I Wyvern si buttano incautamente sul campo di battaglia, dove le possibilità di sopravvivenza sono scarsissime. Loro combattono per la propria libertà, e per una "casa" in cui tornare.
