Si definisce '''entità molecolare''' qualsiasi [[atomo]], [[molecola]], [[ione]], [[coppia ionica]], [[radicale libero|radicale]], [[ione radicalico]], [[complesso (chimica)|complesso]], [[conformazione|conformero]], etcecc. costituzionalmente o [[isotopo|isotopicamente]] distinguibile e identificabile come una entità distinguibile separatamente.<ref> name=IUPAC>{{en}} [http://goldbook.iupac.org/M03986.html Molecular entity], definizione [[IUPAC]] [http://goldbook.iupac.org/index.html Gold Book]</ref>
Questo termine viene utilizzato per indicare genericamente singole entità senza specificare la loro natura, mentre il termine "[[specie chimica]]" si riferisce a un insieme di entità molecolari dello stesso tipo. Ad esempio "una molecola di CH<sub>4</sub>[[metano]]" rappresenta una un'entità molecolare, unmentre certo numero di"una [[mole|moli]] di [[metano]]" caratterizzanorappresenta una specie chimica.<ref name=IUPAC/> Quindi nell'esempio in questione il termine "il metano" può riferirsci ad una singola entità molecolare o ad una specie chimica, a seconda che si intenda una singola molecola di metano o il metano inteso come [[composto chimico]].
Il grado di precisione utilizzato per descrivere una un'entità molecolare dipende dal contesto: ad esempio in certi casi può essere necessario specificare lo stato elettronico o vibrazionale, lo [[spin]] nucleare, etcecc.<ref name=IUPAC/>
