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Le condizioni idrologiche dello Stretto di Messina sono straordinarie, e del tutto peculiari e speciali sono i popolamenti che esso ospita. Infatti, l’intenso idrodinamismo e le caratteristiche chimiche delle acque dello Stretto di Messina sono in grado di condizionare gli organismi che in esso vivono ed, anzi, riescono ad influenzare l’intero assetto biologico dell’ambiente determinando uno straordinario ecosistema, unico nel Mediterraneo per biocenosi, abbondanza di specie e, quindi, lo Stretto di Messina costituisce un fondamentale serbatoio di biodiversità.
[[Image:Messina Straits Pilumnus inermis.png|right|thumb|Pilumnus inermis presente sulla sella Ganzirri-Punta Pezzo]]
Le intense ed alterne correnti, la bassa temperatura e l’abbondanza di sali di azoto e fosforo trasportati in superficie dalle acque profonde determinano la disponibilità di una grande quantità di sostanza organica utilizzata sia dagli organismi pelagici sia, soprattutto, dai popolamenti bentonici costieri. Tutto ciò, insieme ai fenomeni associati, determina un vero e proprio ''riarrangiamento ecologico'' che nelle specie a prevalente distribuzione occidentale tende a simulare una condizione di tipo atlantico. Infatti, numerose specie prettamente atlantiche, come ad esempio le laminarie (grandi [[Alga|alghe]] brune), pur se presenti in qualche altra zona del Mar [[Mediterraneo]] solo nello Stretto di Messina riescono a formare comunità ben strutturate formando delle vere ''foreste sottomarine'' a riprova delle ottimali condizioni ambientali. [
E’ importante segnalare a questo proposito che sia le laminarie di bassa profondità (''Sacchoryza polyschides''), sia i popolamenti profondi a ''Laminaria ochroleuca'', e le comunità vegetali associate, sono strettamente dipendenti dalle caratteristiche fisiche e biologiche del substrato. Come è noto, infatti, per completare il loro ciclo vitale, questi organismi richiedono un substrato solido già colonizzato da rodoficee calcaree, in assenza delle quali l’insediamento non può avere luogo. [[Image:Messina Straits ecoscandaglio Ganzirri P Pezzo.JPG|left|thumb|Tracciato ecoscandaglio lungo la sella Ganzirri-Punta Pezzo]]
Lo Stretto di Messina, confine fra i due bacini occidentale ed orientale del Mediterraneo, è un punto importante di osservazione dei flussi migratori delle specie che si trovano nei due bacini. In quest’area pervengono o transitano comunità planctoniche, anche di lontana origine sia orientale sia atlantica. Fra le specie bentoniche, di particolare rilevanza è la presenza di Pilumnus inermis, in precedenza considerato esclusivamente atlantico, che rappresenta una delle specie più rilevanti nell’associazione a Errina aspera (idrozoo) [D2], noto endemismo dello Stretto di Messina, su cui vive un Mollusco cipreide (Pedicularia sicula), riscontrabile a livello della sella fra 80 e 110 m, ove sono presenti numerose altre specie fra cui l’ofiura ''Ophiactis balli'' ed i crostacei ''Parthenope expansa'' e ''Portunus pelagicus''. Da segnalare ancora il ''dente di cane gigante'' (''Pachylasma giganteum''). Grande importanza biologica ed ecologica è anche da ascrivere alle già citate Laminariales dello Stretto (''Sacchoryza polyschides'' e ''Laminaria ochroleuca''). Infine, sembra doveroso evidenziare sia la presenza di ''Albunea carabus'' e di cospicui insediamenti di ''Pinna nobilis''
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