SiIl sito di Çayönü si articola in due quartieri distinti: quello nord caratterizzato da case grandi e dalla presenza di collane in ossidiana, quello sud dalle case piccole e dalla presenza di selce, oggetti decorativi e punte di lancia in ossidiana. Esclusivamente il quartiere nord mostra edifici pubblici, ed è chiaro segno che a Çayönü vi era distinzione sociale (i signori vivevano nel quartiere nord, il popolo nel quartiere sud). Sono attestate tre tipologie di edifici pubblici: gli "''Elagstone Building''" ("a lastre di pietra"), gli "''Skull Building''" ("a teschio") e i "''Terrace Building''" ("a terrazza"). Nelle ''Elagstone BuldingsBulding'' l'ingresso si apre sempre sul lato lungo dell'edificio, il pavimento è fatto con cura, e vi sono pilastri, contrafforti e lastre di pietra che sporgono dal basso verso l'alto;. Nelle ''Skull BuldingsBulding'' sono presenti nicchie (circa tre), protette da lastre, all'interno delle quali troviamo migliaia di teschi umani (uomini e più raramente donne e bambini). La "''Plaza''" è la zona fra i due quartieri, nel quale è probabile avvenissero attività commerciali (sono state trovate due steli, una delle due modellata, probabilmente erano parte integrante di un corridoio che collegava quartiere nord e quartiere sud).
