È l'ottavo dei nove figli di Mario Prodi, un ingegnere proveniente da una famiglia contadina, e di Enrica, maestra elementare. La famiglia è composta da sette fratelli e da due sorelle, la maggior parte dei fratelli sono, o sono stati, docenti universitari: [[Giovanni Prodi]] di matematica, [[Vittorio Prodi]] di fisica e anche [[Parlamento Europeo|eurodeputato]], [[Paolo Prodi]] di "Storia moderna", [[Franco Prodi]] di "Fisica dell'atmosfera", [[Giorgio Prodi]] di "Patologia generale". Nel [[1969]] si sposa, in una celebrazione presieduta dall'allora sacerdote e ora cardinale [[Camillo Ruini]], con Flavia Franzoni, a quel tempo studentessa, in seguito divenuta economista e docente universitaria. Dal matrimonio sono nati due figli, Giorgio e Antonio.
