Open reading frame: differenze tra le versioni

Versione delle 22:22, 4 nov 2006

Versione delle 22:35, 11 nov 2006

Riga 1:

La '''Open Reading Frame''' (sigla '''ORF''') è la parte (o sequenza) di [[DNA]] o [[RNA]] che codifica per una [[proteina]].

{{A|voce troppo schematica e tecnica|biologia|luglio 2006|<font color="orange">[[Utente:Nadira|'''Nadira''']] [[Discussioni utente:Nadira|_''scrivimi'']]</font> 18:21, 14 lug 2006 (CEST)}}

In un [[gene]] le ORF si trovano comprese fra la la sequenza di inizio ([[codone]] d'inizio), e la sequenza di stop (codone di terminazione).

Le ORF vengono normalmente individuate spostandosi lungo i frammenti di DNA durante la ricerca della localizzazione di un gene

Open Reading Frame è la parte del [[gene]] che codifica per una [[proteina]], inizia con la tripletta [[ATG]] e termina con un [[codone di stop]]

Considerando che vi sono [[organismo|oganismi]] che presentano delle variazioni nella sequenza del codone d'inizio, la ricerca di una ORF può essere differente, sfruttando ad esempio degli [[algoritmo|algoritmi]] basati costruiti su tutti i codici genetici esistenti (inclusi quelli alterati) e su tutte le possibili modalità di lettura.

E' risaputo che, l'esistenza di una ORF, particolarmente se lunga, è una buona indicazione della presenza di un gene nella sequenza posta nelle immediate vicinanze. In tal caso, la ORF stessa fa parte della sequenza che verrà tradotta dai [[ribosoma|ribosomi]], comprendendo in tutta la sua lunghezza anche le parti che verranno eliminate prima della [[sintesi proteica]], vale a dire gli [[introne|introni]].

===La ricerca delle ORF negli procarioti e negli eucarioti===

Una volta stabilita la sequenza del gene è importante determinare la ORF corretta. Per gli organismi con DNA a doppia elica, la sequenza può essere stabilita in sei modalità di lettura, tre in un verso e tre nel verso opposto. Negli organismi [[procarioti]], la sequenza più lunga che risulta priva di un codone di terminazione costiutuisce di fatto una ORF.

Più problematico è il caso degli organismi [[eucarioti]] in quanto la maggior parte del DNA contenuto in una ORF (quella costituita dagli introni appunto), non viene tradotta; questa è la ragione per cui, in questo coso, una ORF può essere trovata soltanto andando ad analizzare l' [[mRNA]] una volta sottoposto al processo di [[splicing]].

===Collegamenti esterni===

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/ Programma per la ricerca di ORF (in inglese)]

[[Categoria:DNA]]

[[Categoria:Biologia molecolare]]