Si è occupato in particolare di tematiche transdisciplinari tra economia ecologia ed è considerato uno tra i più importanti studiosi di N.[[Nicholas GergescuGeorgescu-Roegen<]]ref>[http://books.google.it/books?id=lq-7SgAACAAJ&dq=Mauro+Bonaiuti&hl=it&ei=chEnTrnvH9Du-gbZ67nYCw&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=4&ved=0CDkQ6AEwAw ''From Bioeconomics to Degrowth''] su Google books</ref>, il fondatore della bioeconomia. E' stato anche tra i primi ad introdurre in italia la riflessione sulla [[decrescita]] (di cui ha scritto alcuni articoli nella rivista [[Carta]]<ref>[http://www.carta.org/autori/mauro-bonaiuti/ Articoli di Mauro Bonaiuti dal Sito Carta.org], url consultato il 15 novembre 2011</ref>), e l'economia e l'ecologiaecologica.<ref>[http://www.ilsandalo.eu/documenti/Sviluppo_sostenibile_Bonaiuti.pdf ilsandalo.eu]; [http://cms.webofsections.ch/fileadmin/data/ggysin/rapporto_sul_clima-Gysin.doc webofsections.ch]</ref>. Ha dedicato due saggi a [[Nicholas Georgescu-Roegen]].
È stato i fondatori dell'Associazione per la Decrescita e tra i promotori della Rete italiana di Economia Solidale RES.<ref>[http://www.terranauta.it/a893/biografie/biografia_di_mauro_bonaiuti.html Biografia Mauro Bonaiuti, da Terranauta.it]</ref>
